«Чёрная лагуна» — небольшая перевозочная команда, которая берётся за самые рискованные рейсы и нередко возит по Южно-Китайскому морю груз, о котором лучше не задавать лишних вопросов. Рокуро Окадзима, оказавшись в этой среде, быстро понимает, что вокруг него не обычные контрабандисты, а люди, привыкшие жить на грани закона и выживать там, где слабым не оставляют шансов. Вместе с Реви, Датчем и Бенни он втягивается в опасную работу, где каждый заказ может обернуться перестрелкой, погоней или предательством.
На фоне портовых городов Таиланда, Филиппин, Малайзии, Индонезии и Японии разворачивается жестокая борьба за влияние, а Роанапур становится местом, где сходятся интересы самых разных преступных группировок. Китайская, итальянская, колумбийская, русская и другие мафиозные структуры делят власть, устраивают разборки и пытаются подмять под себя весь пиратский мир восточных морей. В этом хаосе Рокуро приходится менять прежнюю жизнь и учиться действовать по законам улицы, где выживает только тот, кто умеет стрелять, договариваться и не терять хладнокровие.