«Меня не интересуют обычные люди», — резко заявляет Харухи Судзумия в первый же день в новой школе, сразу отсекая скучных одноклассников и давая понять, что ей нужны только пришельцы, путешественники во времени и экстрасенсы. Кён, невольно втянутый в её странные идеи, помогает Харухи запустить школьный клуб, который быстро превращается в настоящую «Команду SOS». Вокруг неё один за другим собираются Сёнэн Кён, Юки Нагато, Микуру Асахина и Ицуки Коидзуми, и очень скоро становится ясно: слова Харухи — не просто подростковая бравада, а сила, способная менять реальность.
Пока остальные пытаются удержать её энергию в рамках обычной школьной жизни, Харухи продолжает искать чудеса и приключения, сама того не замечая, втягивая всех в цепочку невероятных событий. Кён приходится постоянно разбираться с новыми странностями, которые возникают рядом с Харухи, и постепенно он понимает, что спокойной жизни с ней уже не будет. Чем дальше, тем сильнее «Команда SOS» увязает в тайнах, где смешиваются юмор, хаос и опасность, а сама Харухи остаётся тем самым человеком, который способен превратить любой день в нечто совершенно непредсказуемое.